他追谥庶人李重俊为节愍太子，并追复崔玄暐、敬晖、桓彦范、袁恕己、李千里、王同皎、苏安恒等人的官爵。

恢复三铨制度：唐初规定，官员的选用、考绩都由尚书省主管，文官经由吏部，武官经由兵部，尚书与侍郎合称三铨。

李旦即位后，下诏恢复了三铨制，并让姚崇和宋璟分别兼任兵部尚书、吏部尚书，负责文武官员的考选工作。

整顿北衙禁军：北衙禁军的核心力量称为万骑。

李旦即位后，将万骑将士全部放到京外为官，并停止从户奴中招募万骑兵员。

他又增置飞骑，隶属于左右羽林军，以取代万骑的核心地位。

后来，李旦又将左右万骑与左右羽林军整编为北门四军。

消除武氏影响：武则天虽然殡天，但武氏一族仍有很大的影响力。

李旦即位后，取消武则天的“则天大圣皇后”称号，复称“天后”，并废除武氏崇恩庙及昊陵（武则天之父武士彟之墓）、顺陵（武则天之母杨氏之墓）。

他还追削武三思、武崇训父子的官爵，铲平其坟墓，剖棺戮尸，极力打击武氏的残存势力，消除武氏一族在政治上的影响力。
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